Fungi associated with pods and seeds during the R6 and R8 stages of four soybean cultivars in southwestern Indiana Champignons associés aux gousses et aux graines de quatre cultivars de soja aux stades R6 et R8 dans le sud-ouest de l’Indiana

Abstract

A total of 6,403 isolates of fungi were identified from soybean pods and seeds collected late in the 1992 and 1993 growing season (R6 and R8 soybean growth stages). The majority of fungi consisted of Deuteromycetes (95.5%) followed by Ascomycetes (0.9%). Common fungal genera isolated during the study included Phomopsis, Alternaria, Cercospora, and Colletotrichum (= Glomerella) . Cercospora and Phomopsis were identified more commonly from pods and seeds at harvest maturity (R8) than at the greenbean stage of development (R6). However, isolation frequencies of Colletotrichum were greater from tissues collected at R6 than at R8. Isolation frequencies compared between pod and seed tissue were similar for almost all the fungi except Alternaria, Phoma, and Nigrospora. The primary pathogenic species identified from the Diaporthe/Phomopsis complex were D. phaseolorum var. caulivora and D. phaseolorum var. sojae at 28.2% of the total isolation frequencies compared to D. phaseolorum var. meridionalis and Phomopsis longicolla that were identified from 1% of the total samples. The pod tissue harbored greater numbers of fungi than seeds during this study. In statistical comparisons of the peduncle, middle, and stylar regions from pods, no differences in isolation frequencies were found for the cultivars tested regardless if pod tissues or seeds were compared. In summary, the percent isolation frequency of pathogenic fungi from pod and seed at R6 was an effective indicator of the potential for increased disease severity. Furthermore, the significantly greater occurrence of D. phaseolorum var. caulivora and D. phaseolorum var. sojae compared to the other Phomopsis/Diaporthe spp. (e.g. D. phaseolorum var. meridionalis) in southern Indiana will enable scientists to continue to concentrate their breeding efforts for resistance to control these two major pathogens.

Résumé

Un total de 6403 isolats de champignons ont été récupérés de gousses et de graines de soja récoltées vers la fin des saisons 1992 et 1993 (stades de croissance R6 et R8). La majorité des champignons étaient des Deutéromycètes (95,5 %) puis des Ascomycètes (0,9 %). Les genres de champignons les plus communément isolés lors de l’étude furent les Phomopsis, Alternaria, Cercospora, et Colletotrichum (= Glomerella). Les Cercospora et les Phomopsis ont été retrouvés plus souvent sur les gousses et les graines à pleine maturité (R8) qu’au stade de développement fève verte (R6). Par contre, la fréquence d’isolement des Colletotrichum était plus élevée pour les tissus récoltés au stade R6 que pour ceux au stade R8. Les fréquences d’isolement étaient similaires pour les tissus des gousses ou des graines pour la plupart des champignons sauf les Alternaria, Phoma et Nigrospora. Les principales espèces pathogènes isolées du complexe Diaporthe/Phomopsis étaient le D. phaseolorum var. caulivora et le D. phaseolorum var. sojae avec des fréquences d’isolement totalisant 28,2 % alors que le D. phaseolorum var. meridionalis et le Phomopsis longicolla étaient identifiés dans 1 % de tous les échantillons. Dans cette étude, les tissus des gousses contenaient un plus grand nombre de champignons que les graines. Des comparaisons statistiques des sections du pédoncule, du centre et du style des gousses n’ont pas permis de trouver de différence entre les fréquences d’isolement pour les cultivars testés, que ce soient les tissus des gousses ou les graines qui soient comparés. En résumé, la fréquence d’isolement de champignons pathogènes de gousses et de graines au stade R6 a été un indicateur fiable du potentiel de gravité des maladies. De plus, la présence significativement plus grande du D. phaseolorum var. caulivora et du D. phaseolorum var. sojae par rapport aux autres Phomopsis/ Diaporthe spp. (e.g. D. phaseolorum var. meridionalis) dans le sud-ouest de l’Indiana va permettre aux scientifiques de continuer à concentrer leurs efforts d’amélioration génétique sur la résistance à ces deux importants agents pathogènes.